La bahía de Santander está situada en Cantabria y es el mayor estuario de la costa norte de España, con una extensión de 22,42 km², una longitud de 9 km y una anchura de 5 km. Debido a la influencia de Santander y su área metropolitana,^[1]​ a su alrededor se concentra casi la mitad de la población de la región,^[2]​ por lo que la presión antrópica sobre esta lámina de agua es elevada.

La entrada a la bahía está precedida por la ensenada de El Sardinero, donde se localiza la isla de Mouro. El acceso a su interior se realiza por un estrecho paso de mar situado entre la península de la Magdalena, en cuyas proximidades se sitúan el islote de la Torre y la isla de la Horadada, y el arenal de El Puntal, una larga barra longitudinal de playas y dunas que protege las tranquilas aguas internas de la bahía.

La morfología original de la bahía ha sufrido importantes cambios en los últimos siglos. Se estima que más del 50% de la extensión inicial de ésta ha sido rellenada, desecándose una importante superficie de marisma destinada a pastizales, la ampliación del puerto de Santander y la creación de áreas industriales, residenciales y de servicios. Desde hace unos años se han llevado a cabo acciones muy puntuales en aquellas zonas de alto valor ecológico susceptibles de ser recuperadas, integrándolas de nuevo en la dinámica mareal (marismas de Alday en Maliaño o las marismas blancas y negras en El Astillero).